Las devociones religiosas de cierta importancia, promueven la construcción de templos en los que celebrar el culto divino, sacralizando así el espacio urbano, si bien para el caso de las ermitas solían construirse a extramuros de las poblaciones, por lo que la sacralización pretendía más bien dirigirse a lo rural. Ya vimos cómo San Sebastián y San Roque eran devociones a las que el pueblo acudía ante las epidemias. En Arjonilla, ambos tuvieron ermita levantada en su honor a partir del siglo XVI, ubicadas en las entradas y salidas más importantes de la población: Camino de Andújar y Camino de Córdoba, respectivamente.

Curiosamente, ambos caminos eran clausurados ante los casos de peste en poblaciones vecinas. La ermita de San Roque, representaba en aquel tiempo, a los ojos de los habitantes del Arjonilla de la Edad Moderna, un escudo protector frente a la epidemia, transmitida fundamentalmente por el tránsito de viajeros por las vías de comunicación mencionadas. En nuestros días, es un lugar de peregrinación cotidiano, de los fieles devotos arjonilleros que se acercan a la mirilla de su puerta, para contemplar la imagen de su venerado Patrón.

A partir de la obligación votiva de acudir el Ayuntamiento a los gastos de reparos de la ermita del Patrón, el cabildo se preocupaba de todo lo concerniente a su buen estado. Hacia 1611 se realizan varias obras menores y entre las actuaciones municipales destaca la instalación de la primera campana, adquirida por el regidor Diego Ruiz de Monterrubio en Córdoba por 796 reales, si bien la limosna recogida para este menester sólo ascendía a 400 reales, por lo que el resto fue costeado por los fondos del cabildo:

“Trataron e dijeron que por cuanto este concejo es Patrono de la Fiesta de Señor San Roque y está obligado a mirar por las cosas del govierno y administración de su ermita por boto que tiene fecho por acuerdo deste ... Pedir y juntar limosna para acudir a las necesidades que se ofrecieren y porque de presente la dicha ermita está sin campana para poder celebrar su fiesta ... cosa que tanto importa a la dicha ermita para su adorno y porque a noticia deste qº a venido que Diego Ruiz de Monterrubio vecino desta Villa compró en la ciudad de Córdoba una campana para dicha ermita en precio de setezientos e noventa y seis rreales y de la limosna que está junta por de contado quatrozientos reales y se contaron debiendo trescientos noventa y seis rreales por los quales consta por testimonio”

Unos años más tarde, se construye la lonja de la ermita, que limita el espacio del recinto sagrado, ya que en este siglo XVII, el oficio divino se celebraba en la explanada exterior, a causa del calor y el concurso de fieles en esta solemnidad. Así, en 1642, el alcalde D. Francisco Serrano Moreno se dirige al Obispo para que continúe permitiendo la celebración a la puerta de la ermita:

“Como patronos que somos de Sr. San Roque y de su Santa Iglesia ... por los días de Sr. San Roque de cada uno año ha celebrado y celebra su fiesta solemne con Misa y Procesión en la dicha Iglesia que por ser pequeña y por la comodidad de la mucha jente que con grande devoción concurre a la dicha fiesta la Santa Misa della se celebra y a acostumbrado celebrarse fuera de la dicha Iglesia a la puerta principal della porque el pueblo goce de oir misa lo cual faltaría si se celebrase dentro de la dicha Iglesia por ser como es muy pequeña y contraviniendo esta antigua costumbre el Señor Doctor Don Fernando de Nava, Prior de la Parroquial de esta Villa ha mandado que la dicha fiesta y misa no se celebre fuera de la dicha Iglesia sino dentro della de que se siguen las dichas causas “

Para acudir a los gastos que ocasionaban los continuos reparos en la ermita, el cabildo desarrolló varios sistemas de recolección de fondos, principalmente las multas, como las impuestas a los caballeros capitulares ante su ausencia de los cabildos. Así ocurrió en 1638, cuando se impone la multa de 100 maravedís a cada caballero capitular que no asistiera al cabildo. En 1661, la cantidad ya ascendía a 500 maravedís, y en casos de peste también se penalizaba con aportaciones para las obras de la ermita, en caso de ausencia de capitulares a las puertas de la Villa.

Sobre el culto que tenía lugar en la ermita del Santo Patrón, el acuerdo de 10 de marzo de 1702, refiere el inventario de los ornamentos que habría de realizarse tras la adquisición de los mismos por parte del cabildo:

“Acordaron que por quanto todos los ornamentos de Cáliz, misales y demás cosas que se sirben en la ermita del glorioso San Roque patrón desta Villa se an echo a expensas deste Conzejo y para que todo tenga la quenta guarda y custodia nezesaria se aga inbentario jurídico de dhos. ornamentos y fecho se le entreguen y encargue el cuidado dellos a la persona que sus mrds. dhos. señores alcaldes a quienes se les suplica asistan a las dilijenzias nezesarias para dho. efecto y fho. dho. inventario se traiga con los papeles del archivo desta Villa y así lo acordaron y firmaron.”

La penuria económica por la que pasan las economías municipales a raíz de los sucesos de principios del siglo XVIII, con las continuas demandas para el ejército de Felipe V contra los partidarios del archiduque Carlos, situación que se hizo más cruenta en Arjonilla, por la escasez de bienes de propios con los que evitar la asfixia económica del vecindario, provocó el abandono de reparos en la ermita de San Roque. En 1710, cuando ya había pasado el bienio de crisis de subsistencias, se hacía patente el mal estado de la ermita, lo que provocaba la permanencia de la imagen en la Iglesia Parroquial. El cabildo determinó nombrar dos caballeros diputados, Fernando de Mendoza y Martín de Carmona Valenzuela, para que recogieran limosnas del vecindario y reparar así la ermita del Santo. Lo cierto es que esta acción no tuvo efecto alguno, ya que en 1.715 la situación del inmueble era de ruina total:

A finales del siglo XVIII, le sucede a la casa del Patrono titular de esta Villa una nueva ruina, que el alcalde D. Baltasar de Acuña manifiesta al cabildo, donde se decide que los maestros de albañilería Alonso de Lara y José Gijón pasaran a reconocer los daños y reparos necesarios.
Finalizado el siglo, los vecinos que ostentaban los cargos de la Virgen del Rosario que se venera en la ermita de San Roque, solicitan permiso al Ayuntamiento para construir el camarín de esta advocación mariana, que en aquel tiempo aún no era aclamada como patrona de la Villa.

“En este día se fizo presente una petición de Manuel González, Pedro Adelfa y Pedro Nevado, capitán, teniente y alférez de la Compañía o Congregazión de Nra. Sra. del Rosario, suplicando a esta Vª que ... de un ardiente deseo de obsequiar a dha. soberana Ymagen que se halla colocada en un nicho estrecho e indecente en la ermita del Señor San Roque extramuros de esta Villa les concedan licencia para fabricar en ella hacia el lado de la cantería de dicha ermita en el rincón que hace el testero de esta y costado de aquella a espensas de la devoción común de este pueblo ayuda de los susodichos obligándose a solicitar en caso que sus fuerzas no alcancen el costo de todo, un camarín con la devida decencia que se ejecute por maestro aprobado con yntervención del caballero yndividuo que fuese del agrado deste Ayuntamiento”

La ocupación de esta Villa por las tropas francesas en 1710 durante la guerra de la Independencia, afectó también a esta ermita, lo que desde el gobierno municipal se vio como un sacrilegio, a reparar de inmediato:

”trataron el estado deplorable en que se hallaba la hermita del Patrono titular Señor San Roque extramuros del Pueblo, pues por un efecto de la falta de relixión y menosprecio conque los franceses trataban los templos en que por nuestra Sagrada religión se adora al Berdadero Dios y sus santos pusieron la mencionada hermita en las barias veces que interim ocuparon la Provincia quasiasolada y en términos que aún está indecorosa para serbicio de las bestias más inmundas, cosa que cede en desprecio del Catolicismo por lo qual se hacía de imprescindible necesidad disponer inmediatamente de su reedificación y adorno en los términos más decorosos y conformes a la Dignidad del Santo Patrono...”